W budynku muzealnym zainstalowano ekspozycję, której scenariusz przygotował międzynarodowy zespół ekspertów. Na wystawie za pomocą fotografii oraz materiałów audiowizualnych przedstawiona została historia obozu zagłady w Bełżcu oraz polityka eksterminacyjna okupantów niemieckich na terenie Generalnego Gubernatorstwa.

Wystawa „Każda ofiara ma imię” prezentuje sylwetki osób zamordowanych w niemieckim nazistowskim obozie zagłady w Bełżcu.

Wystawa „Niemiecki obóz zagłady w Bełżcu. Historia i relikty” ma za zadanie pokazać tragizm tego miejsca w świetle wykopalisk archeologicznych.

Wystawa autorstwa Tomasza Hanejko i Jarosława Jońca stanowi ilustrację wydarzeń będących efektem zbrodniczej polityki ludnościowej okupantów hitlerowskich, której mieszkańcy Zamojszczyzny doświadczyli w latach 1939–1944. Na 15 przenośnych panelach znajduje się omówienie najważniejsze aspektów okupacji niemieckiej Zamojszczyzny.

Fotografie, dokumenty i relacje świadków ukazują dramatyczną perspektywę ludzi skazanych na wywózkę i śmierć.

Przygotowana przez Instytut Pamięci Narodowej wystawa składa się z 15 rzeźb autorstwa Samuela Willenberga (1923–2016), żołnierza Wojska Polskiego i Armii Krajowej, uczestnika buntu w byłym niemieckim nazistowskim obozie zagłady w Treblince, a także Powstania Warszawskiego, powojennego edukatora w zakresie wiedzy o Holokauście.