Najliczniejszą część kolekcji stanowią artefakty pochodzące z badań archeologicznych prowadzonych na terenie byłego obozu zagłady w latach 1997–1999 przez archeologów z Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu pod kierunkiem prof. Andrzeja Koli. Ich celem było rozpoznanie topografii miejsca, zlokalizowanie masowych mogił oraz ustalenie funkcji zachowanych obiektów obozowych. Badania, w trakcie których stosowano zarówno ręczne świdry, jak i wykopy sondażowe, pozwoliły odkryć pozostałości infrastruktury obozowej oraz ponad trzy tysiące reliktów należących do ofiar.
